話し言葉としては
よるんじゃね？またはよらね？が正解だと思う。よらない？を基準としているならば。従ってイントネーションの問題ではない。

よらない？
は
よら ない

よらなくね？
は
よら なく ね

違いは真ん中に挟まれている余計な否定の助詞。もし『よらなくね？』をこの話し言葉で元に戻すなら、『よらないんじゃない？』だと思われる。分かりにくく更に間違っていたらすまない。日本語博士、フォローか詳しい説明お願いしまーす。